ธงของปานามามีสีแดงสีขาวและสีน้ำเงินแบ่งออกเป็นสี่ส่วนมีสี่เหลี่ยมสีขาวสองรูป - หนึ่งสีฟ้าและสีแดงหนึ่งรูป สี่เหลี่ยมสีขาวมีดาวดวงเดียวสีน้ำเงินที่มุมบนซ้ายสีแดงที่มุมล่างขวา ทุกสีเป็นสัญลักษณ์ในแบบที่มันแสดงถึงองค์ประกอบที่สำคัญต่อชีวิตของชาวปานามา

สีขาวในธงแสดงถึงความสงบสุข ดาวสีน้ำเงินเป็นสัญลักษณ์ของความบริสุทธิ์และความซื่อสัตย์และยังหมายถึงพรรคอนุรักษ์นิยม ดาวสีแดงหมายถึงผู้มีอำนาจและกฎหมายและมันยังหมายถึงพรรคเสรีนิยมของปานามา

ประธานาธิบดีคนแรกของปานามามานูเอลอดอร์เกร์เรโรไม่ยอมรับธงแรกที่ออกแบบในปี 2446 ประกอบด้วยแถบสีแดงและสีเหลืองแนวนอน 13 แถบสีฟ้าถือดวงอาทิตย์สีทองสองดวง เส้นแคบ ๆ เป็นตัวแทนของมหาสมุทรรวมกันทางคลองปานามา

แม้ว่ามันจะถูกปฏิเสธ แต่ภรรยาของ Philippe-Jean Bunau-Varilla ได้ออกแบบข้อเสนอครั้งแรกสำหรับธงปานามา เธอได้รับแรงบันดาลใจจากธงของสหรัฐอเมริกาด้วยองค์ประกอบที่เป็นเกียรติแก่ประเทศอื่น ๆ เช่น 13 แถบสำหรับสหรัฐอเมริกาและใช้สีเหลืองสำหรับการเชื่อมต่อของปานามาไปยังโคลัมเบียและสเปนซึ่งธงมีทั้งสีแดงและสีเหลืองเด่นชัด เธอแทนที่ดวงดาวในมณฑลสีน้ำเงินด้วยดวงอาทิตย์ที่เชื่อมต่อถึงกันสองดวงเพื่อเป็นตัวแทนของอเมริกาเหนือและอเมริกาใต้

แม้จะมีสัญลักษณ์หนักหน่วงของการออกแบบธงของ Madame Bunau-Varilla แต่ก็ถูกปฏิเสธเพราะดูเหมือนว่าจะคล้ายกับธงชาติสหรัฐอเมริกา ครอบครัวของประธานาธิบดีได้ออกแบบธงใหม่แทน อย่างแรกลูกชายของเขา Manuel Encarnacion Amador ศิลปินที่เป็นที่รู้จักและมีความสามารถดึงร่างที่เขามอบให้แก่สุภาพสตรีหมายเลขหนึ่งของปานามา Maria Maria La Ossa de Amador เธอสร้างธงของปานามาเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2446 แม้ว่าการสร้างธงนั้นไม่ได้เกิดขึ้นเพราะความต้องการหลีกเลี่ยงกองทัพโคลอมเบีย

วันแห่งธงชาติมีการเฉลิมฉลองทุก ๆ ปีในวันที่ 4 พฤศจิกายนซึ่งเป็นวันที่ปานามาแยกจากโคลัมเบีย